藻類微生物檢測出的菌藻為細菌、真菌和藻類，它們增殖快，可以形成細菌微生物膜，對設備造成污塞和腐蝕。細菌中黏液細菌和鐵細菌容易生成黏液菌膜，某熱電廠在除鹽水箱中大量滋生這類菌膜，增殖速度快，并使混合床污塞。鐵細菌除自身引起污塞外，還使鋼鐵設備腐蝕，在此過程中獲取營養，并由亞鐵離子氧化為高價鐵離子過程中獲取熱量（能量）。能產酸引起設備腐蝕的有硫細菌與氮（硝）細菌。硫細菌中硫化細菌可以還原硫酸鹽和把有機硫轉化為硫化氫；反硫化細菌可把硫化物氧化為亞硫酸，進而氧化為硫酸。硝化細菌可使氨（胺）在亞硝酸細菌作用下氧化為亞硝酸，再進而在硝酸細菌作用下氧化為硝酸；與以上在好氧條件下的氧化作用相反的是厭氧菌的反硝化作用，硝酸鹽還原細菌可將硝酸還原為亞硝酸，亞硝酸鹽還原菌將亞硝酸鹽還原為氨（胺）。真菌在水中存活較少，主要在大氣與動植物腐壞物上寄生。藻類中主要是藍藻、綠藻和硅藻，其主要顏色分別為藍、綠、褐。藻類依靠光合作用吸取能量存活，它可把水中的重碳酸鹽或溶入水中的CO2轉化為醣并產生氧氣，隔絕陽光可以抑制其生長。